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Waldhausen wird in alten Urkunden öfters als Weiler bezeichnet. Seine Gemarkungsfläche beträgt 229 ha. Vor Jahrhunderten dürfte der Weiler nie mehr als 80 bis 90 Einwohner gehabt haben. 1771 zählte Waldhausen 102 Einwohner, 1804 waren es 125, 1826 hatte der Ort 145 Einwohner. 1919 war die Zahl auf 221 angestiegen, 1981 aber wieder auf 185 zurückgegangen. Heute, im Jahre 2023, hat die Ortschaft 192 Einwohner.

Waldhausen wird erstmals in einer Urkunde des Klosters Reichenau vom 30. September 835, in Worms ausgestellt, erwähnt. In ihr bestätigt König Ludwig der Deutsche die von seinem Vater, Kaiser Ludwig dem Frommen, an den Abt Grimald von Weißenburg, seinen obersten Kanzler, im Gau Appha, in den Dörfern Altheim, Riedlingen, "Ualdhusir" und Ostheim gemachten Güterschenkungen. Der heutige Ort Waldhausen lag also damals im Gau Appha, dessen Hauptsitz wohl Altheim war. Altheim hatte dank der günstigen Bodenverhältnisse bald nach seiner Gründung zahlreiche Einwohner und konnte Tochtersiedlungen gründen. An der Donaufurt entstand der Weiler Riedlingen in südlicher Richtung entstand Waldhausen. Wie Jahrhunderte lang zwischen Riedlingen und Altheim völlige Weidegemeinschaft bestanden hat, so war bis 1443 die Weide zwischen Altheim und Waldhausen gemeinsam. Der Gau wird weiter 854 und 904, dann 961 erwähnt. 1093 ist Manegold von Altshausen als Inhaber der Grafschaft im Appha-Gau bezeugt, Marquard von Veringen amtiert 1150 in Altheim. Zu Ende des 13. Jahrhunderts sind die Herren von Justingen als Ortsherren anzusehen. 1294 verkauft Anselm von Justingen alle seine Rechte und Besitzungen im Ort an das Kloster Heiligkreuztal, das fortan die Ortsherrschaft und das Niedergericht inne hatte. Nur wenige andere Grundbesitzer konnten sich daneben am Ort halten. 1560 hatte das Kloster insgesamt 6 Besitzungen, darunter 4 Höfe, die von der Äbtissin an die Bauern "verliehen" wurden. Der Weiler war sehr klein und hatte kommunalpolitisch nur eine geringe Bedeutung. An der Spitze stand ein Ammann (früher wohl einer der reichsten Bauern), der von der Herrschaft eingesetzt wurde. Daneben die Gemeindeversammlung, die nicht ohne die Zustimmung der Klosterherrschaft zusammentreten durfte. Neben der Forsthoheit besaß die Grafschaft Sigmaringen die Hochgerichtsbarkeit und Geleithoheit. Die Landeshoheit lag seit 1611 bei Österreich, an das die Einwohner auch ihre Steuern zahlten. Nach dem Übergang an Württemberg 1804 blieb der Ort im Hinblick auf die Oberamtszugehörigkeit mit Heiligkreuztal verbunden. Im Hochmittelalter hatte fast jeder Ort seinen Ortsadel, von Waldhausen ist keiner sicher bekannt. Die Riedlinger Oberamtsbeschreibung von 1923 geht davon aus, dass der am Ende des 11. Jahrhunderts erwähnte Adel "von Waldhausen" zu Waldhausen bei Bad Saulgau gehört. In einer Urkunde des Grafen Burkhard von Nellenburg (1090) wird aber ein "Wipter de Walthusin" zusammen mit Eberhard von Justingen, Dietrich von Hundersingen und anderen genannt. Daher ist es nicht auszuschließen, dass es sich doch um einen Ortsadeligen gehandelt hat. Diese Theorie könnten auch die Lagerbücher des Klosters Heiligkreuztal unterstützen (1470), die den Cuzlin von Walthausen bzw. Conlin Walthuser nennen. Später wird auch noch Michel von Walthußen genannt. Die Deutung des Ortsnamens "Waldhausen" - "Häuser im Wald" - ist gar nicht so einfach. Die Biberacher Kreisbeschreibung geht vom Zusammenhang "Wald" und "Häuser" aus. Dies erscheint angesichts der Tatsache, dass im frühen und hohen Mittelalter in Bezug auf "Wald" fast immer von "Holz" gesprochen wurde, unwahrscheinlich. Viel eher bedeutet der Name "Häuser des Walto" oder "Waldo". Beide Vornamen waren im Mittelalter verbreitet (Abt Waldo von Reichenau). Der Ortsname blieb durch die Jahrhunderte ziemlich konstant 835-Ualdhusir, 1300-Waltehusen, 1312-Walthusen, 1335-Waldthusen, ab dem Ende des 17. Jahrhunderts wurde die heutige Schreibweise gängig. Im Zuge der Gemeindereform 1974 wurde beschlossen, Waldhausen nach Altheim einzugliedern. Damit ist Waldhausen auch politisch wieder mit der Muttergemeinde verbunden. In kirchlicher Hinsicht war Waldhausen schon immer mit Altheim verbunden. Die Waldhauser gingen an den Sonntagen bei jeder Witterung nach Altheim zum Gottesdienst. Der Altheimer Friedhof ist auch Begräbnisstätte der Waldhauser. Früher war Waldhausen, wie Riedlingen, ein Filial von Altheim.

Der Teilort Waldhausen ist nach wie vor ländlich geprägt. Der Ortskern hat sich in den vergangenen Jahren enorm weiterentwickelt. Viele ältere Wohnhäuser und Stallungen wurden einer Sanierung zugeführt oder sind neuen Wohnhäusern gewichen. Junge Familien konnten sich dadurch am Ort ansiedeln. Im Neubaugebiet Bühläcker verfügt Waldhausen darüber hinaus über voll erschlossene Baugrundstücke im Westen von Waldhausen. Die Grundstücke liegen in schöner und ruhiger Aussichtslage über die Gesamtgemeinde und das Donautal. Einzelne Gewerbebetriebe haben Ihren Standort in Waldhausen und bieten Arbeitsplätze. Durch den Hofladen Münch ist eine Grundversorgung an regionalen Lebensmitteln vorhanden. Mit dem Schützenverein Altheim-Waldhausen verfügt Waldhausen über ein über die regionalen Grenzen hinaus erfolgreicher Repräsentant. Der Narrenverein Heckaschlupfer e. V. pflegt den Brauchtum und bereichert den gemeinschaftlichen Zusammenhalt.